怪盗基德通过一份预告信宣扬着他的高调回归，也表明了他本次的目标——两把东洼荣龙的短刀。作为怪盗基德一直以来的劲敌，名侦探柯南则对此发出疑问：“他为什么会盯上这个？”对于一位宝石大盗而言，将目标锁定在刀身上，其中一定暗藏玄机。关西名侦探服部平次也向怪盗基德放出狠话，二人在月光下拔刀开战，平次脑中一闪而过的远山和叶，让人回想起平次与基德二人曾经的“一吻之仇”。刀光剑影之下，平次关键一击划破了基德的帽檐与眼镜，怪盗尴尬地露出半张脸，他的真实身份是否会因此暴露？其背后又藏着怎样的真相？

在北海道函馆的一场剑道大会上，名侦探柯南与西部名侦探服部平次再次卷入一场悬案。本案牵涉到怪盗基德意欲盗取的江户时代新选组副长土方岁三的日本刀，此刀不仅是传奇藏品，还与寻找能扭转幕末纷争秘宝的美籍日裔军火商有着不解之缘。随着案情的逐步深入，一连串的谜题和危机接踵而至，柯南和平次必须揭开真相，解决危机。

隐藏在刀中的“真相”，劈开黑夜，现在被引导至月下！

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下交易后，准备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在青梅竹马毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。