青蛇不吃人只吃妖，但在杭州城被百姓误解。遭到驱赶和攻击。青蛇负伤逃离，遇到小鬼，两人结伴而行。青蛇进入妖域，试图救回被捉的妖族，却遭到质疑和排挤。妖王看重青蛇的能力，让她继续任务。青蛇与小鬼相处中，开始感受到人的情感，两人建立了深厚的情谊。

南宋是一个人妖难分的时期，法海和尚（赵文卓 饰）到处收服妖精，也扰乱了在西湖底修炼的白青二蛇。青（张曼玉 饰）曾获白（王祖贤 饰）相救，二者便以姐妹相称。姐妹俩受惑佯装成人生活在民间，白更嫁于老实书生许仙，青也同时看上了许仙，便常常以媚态勾引许仙，无奈许仙只深爱白一个。白开设了药店，以为可以自此过上安定的生活，可许仙却受不了青的百般挑逗，更发现了青白二蛇的真实身份，可他却不舍得离开家中的天姿国色。法海得知了青白二蛇的下落，更抓走了许仙。原来白为了爱情放弃修成正果，更怀有了身孕。为了救回丈夫，二蛇与法海展开了搏斗……